Als kleiner, vom Menschen der Natur nachempfundener Tieflandfluss verbindet der Marchfeldkanal die Donau über Rußbach, Obersiebenbrunner Kanal und Stempfelbach mit der March, die bei Neu Theben wiederum in die Donau einmündet. Eine möglichst vielfältige Gestaltung des Verlaufes mit Buchten, Inseln und reichen Uferstrukturierungen schafft ideale Vorraussetzungen für Fische mit den unterschiedlichsten Ansprüchen. Schon 1993, ein Jahr nach der Flutung, hatten nachweislich 39 Fischarten den neuen Lebensraum erobert. Fischlarven und kleine Fische gelangen über die Wehranlagen am Einlaufbauwerk von der Donau in den Marchfeldkanal. Größere Fische wandern flussaufwärts aus dem jetzt teilweise aufgeweiteten Rußbach den Marchfeldkanal entlang, wobei die Tiere über Fischaufstiegshilfen die Wehre umrunden. Seitdem wurden die Fischbestände dreimal jährlich zwischen März und Juli untersucht. An diversen Probestellen entlang der Fließstrecke und an den Fischaufstiegstreppen wurden Zählungen und Artbestimmungen durchgeführt. Nach dem in den ersten drei Jahren gehäuften Auftreten von Pionierarten, wie Stichling und Moderlieschen, zeichnet sich inzwischen die charakteristische Artenzusammensetzung des Marchfeldkanalsystems ab.
Die Hauptfischarten 10 Arten von Fischen treten besonders regelmäßig in hoher Anzahl auf: Laube, Rotauge, Gründling, Rotfeder, Giebel, Nerfling, Aitel und Marmorgrundel zählen zu den Friedfischen – sie ernähren sich vorwiegend von kleinen wirbellosen Wassertieren, wie Würmern, Schnecken oder Wasserinsekten. Die häufigsten Raubfische des Marchfeldkanals sind Flußbarsch, Schied und Hecht. Die große Menge an Jungfischen, die aus der Donau eingeschwemmt werden, und die zahlreichen Friedfische, die über den Rußbach aufsteigen, bieten auch dem größten Raubfisch Europas eine gute Nahrungsgrundlage – dem Zander.